El USE proporciona imágenes muy detalladas de la pared del tubo digestivo y los órganos circundantes. Por eso el principal uso del USE es para definir la profundidad de un tumor en esófago, estómago, recto, o páncreas, entre otros órganos. También permite ver si hay ganglios o si invade venas o arterias. Además, el USE se puede utilizar para diagnosticar las enfermedades benignas del páncreas, del conducto biliar y de la vesícula cuando quedan dudas con otras pruebas. También es posible tomar biopsias de las lesiones encontradas con una aguja muy delgada y poder llegar a un diagnóstico definitivo.